• Từ mùa giải 1980 đến 1995: các đội bóng được chia thành các bảng theo khu vực địa lý. Trong mỗi bảng các đội thi đấu vòng tròn hai lượt tính điểm. Các đội đứng đầu mỗi bảng lọt vào vòng chung kết để tranh chức vô địch, các đội đứng cuối thi đấu vòng chung kết ngược để chọn đội xuống hạng.
• Mùa giải 1996, các đội bóng thi đấu vòng tròn hai lượt. Sau đó, 6 đội đầu bảng thi đấu vòng tròn một lượt để chọn đội vô địch, 6 đội cuối bảng cũng thi đấu vòng tròn một lượt để chọn 2 đội xuống hạng
• Mùa giải 1997 đến 2019 (trừ giải tập huấn năm 1999): các đội thi đấu vòng tròn hai lượt tính điểm. Đội nhiều điểm nhất là đội vô địch. Các đội cuối bảng (1 hoặc 2 đội tùy năm) phải xuống hạng. Thể thức này được áp dụng lại ở mùa giải 2022.
• Mùa giải 2020, sau khi các đội đấu vòng tròn 1 lượt xong, 8 đội xếp trên sẽ đá vòng tròn 1 lượt để tìm ra nhà vô địch, 6 đội còn lại sẽ đá vòng tròn 1 lượt để chọn ra 1 suất xuống hạng. Thể thức này được áp dụng lại ở mùa giải 2023, mùa giải cuối cùng tổ chức thi đấu trong một năm dương lịch.
• Mùa giải 2021 (bị hủy giữa chừng vì dịch COVID-19) có thể thức tương tự năm 2020, nhưng với sự thay đổi về cách phân nhóm (6 đội tranh vô địch, 8 đội tránh xuống hạng).
• Từ mùa giải 2023–24, các đội thi đấu vòng tròn 2 lượt trong 2 năm, từ mùa thu năm trước sang mùa hè năm sau.

Cách thức tính điểm

• Từ mùa giải 1996 trở về trước, hệ thống điểm là 2-1-0 (tương ứng với mỗi trận thắng-hòa-thua). Tuy nhiên có một số ngoại lệ:

• Mùa giải 1985[19] và 1986: Ở vòng 1, trận hoà thứ tư của mỗi đội không được tính điểm; ở vòng 2, nếu 2 đội hoà nhau sau 90 phút thì đá luân lưu 11m để chọn đội thắng.
• Mùa giải 1987: Ở vòng 1, trận hoà thứ năm của mỗi đội không được tính điểm; ở vòng 2, nếu 2 đội hoà nhau sau 90 phút thì đá luân lưu 11m để chọn đội thắng.
• Mùa giải 1993–94 và 1995: Nếu 2 đội hoà nhau sau 90 phút thì đá luân lưu 11m để chọn đội thắng.

• Từ mùa giải 1997 trở đi, hệ thống điểm là 3-1-0.

Cách thức xếp hạng

Xếp chung cuộc theo thứ tự sau:

• Điểm số các đội (theo thứ tự từ cao đến thấp)
• Nếu có 2 hoặc nhiều đội bằng điểm nhau thì xếp theo thứ tự qua các chỉ số phụ:

• Kết quả đối đầu trực tiếp
• Hiệu số bàn thắng thua
• Tổng số bàn thắng

Tuy nhiên, trong một số năm trước đây, tiêu chí hiệu số bàn thắng thua và tổng số bàn thắng được ưu tiên hơn kết quả đối đầu.

Quy định số lượng cầu thủ ngoại và nhập tịch

Giải bắt đầu cho phép sử dụng cầu thủ ngoại từ mùa giải 2000-01. Hiện tại, các câu lạc bộ được phép đăng ký 3 cầu thủ ngoại, 1 cầu thủ nhập tịch còn cầu thủ gốc Việt Nam được coi như cầu thủ nội. Đối với các đội dự giải châu lục được phép có thêm 1 cầu thủ ngoại quốc tịch châu Á. Trường hợp câu lạc bộ bị loại ở giải cấp châu lục trong giai đoạn 1 thì số lượng cầu thủ ngoại và nhập tịch ở giai đoạn 2 được áp dụng như các câu lạc bộ không tham gia giải châu lục. Từ mùa giải 2023, các đội được đăng ký thêm một cầu thủ Việt kiều chưa có quốc tịch Việt Nam (suất cầu thủ này không ảnh hưởng đến suất ngoại binh của các câu lạc bộ).